Mezi roky 1999 a 2004 působil Trnka jako náměstek slovenského generálního prokurátora, v únoru 2004 povýšil do funkce generálního prokurátora, jímž byl až do roku 2011. Stal se tak mužem, jehož pravomoc se vztahovala na všechny trestní kauzy na Slovensku.
První náznaky konexí mezi Marianem Kočnerem a Trnkou se objevily začátkem uplynulé dekády v souvislosti s kauzou Glance House. Trnka tehdy umožnil navzdory předchozímu rozhodnutí prokuratury převod nemovitostí na firmu napojenou na Kočnera. Kvůli kauze dodnes nemají obyvatelé developerského projektu přístup ke svým bytům.
Jak ale vyplývá z nahrávky, kterou získala OCCRP a následně ji investigace.cz koncem loňského roku publikovala, spolupráce obou mužů dosahovala nadstandardních rozměrů. V době výkonu funkce generálního prokurátora umožnil Trnka podnikateli Kočnerovi, nainstalovat u sebe v kanceláři skrytou kameru. Kočner tak mohl bez problému sledovat veškerá jednání v kanceláři šéfa prokuratury.
[embed]https://www.investigace.cz/kocnerova-kamera-v-prokuratorove-kancelari/[/embed]
Kočner „Dobrošovi“, jak generálního prokurátora familierně oslovoval, věřil dokonce natolik, že si u něj v sejfu schovával kompromitující materiály. To se však později ukázalo být jednou z mnoha chyb v Kočnerově úsudku. Jeden ze záznamů, které Trnka takto přechovával, obsahoval i originál odposlechů v kauze Gorila. Když se Kočner dozvěděl, že Trnka chtěl prostřednictvím nahrávky vydírat šéfa společnosti Penta Jaroslava Haščáka, rozzuřil se. Haščák měl už Kočnerovi za diskrétnost v této kauze zaplatit.
Za celou dobu, kdy byl Trnka generálním prokurátorem, nečelil Kočner žádné obžalobě.
V souvislosti s kauzou Gorila policie Trnku stíhá. Loni byl prokuraturou postaven mimo službu.
Trnka je rovněž spojován s kauzou Lemikon, při níž Slovensko přišlo o 400 milionů slovenských korun. Ministr financí Ficovy vlády Ján Počiatek tehdy požádal Trnku, aby ho „podržel“. Kauza se týkala laciného prodeje emisních povolenek. Celý záznam konverzace mezi oběma muži se podařilo získat právě díky Kočnerově kameře v prokurátorově kanceláři.
